Первые встречи отца Евгения Зубовича с жителями села Пристанное проходили в доме Марии Федоровны Михеевой – жительницы села. Зимой 1994 года, после Указа президента Б.Н. Ельцина «О возвращении Церкви государством (национализированной в своё время) собственности» появилась информация, что около с. Пристанное расположена дача, принадлежавшая некогда Владыке Палладию (Добронравову).
Около 40 лет дача находилась во владении Областного художественного фонда. Дача в советский период называлась «Домом художников». На её территории проходили практику художники Саратова. Участок земли в эти годы сократился от 3 га до около 1-го. Помещение находилось в разрушенном состоянии. Осенью 1994 года протоиерей Евгений Зубович устроил в нём Алтарь и в скором времени совершил первую Божественную Литургию. На престольный праздник — Преображение Господне вновь открытый молельный дом посетил Владыка Пимен.
Реконструкцией дачи руководил отец Евгений: восстанавливалось отопление, слив, водоснабжение, электропроводка, целостность окон и т.д. В это же время, в начале октября 1994 года произошла закладка котлована под будущую церковь в селе Пристанное. Строительство нового храма началось рядом с тем местом, на котором располагалась разрушенная в 1972 году прежняя церковь. На месте бывшего при первом храме кладбища был вырыт котлован для нового храма размером 20х10х2 метра. Останки православных священнослужителей и прихожан, найденные во время рытья котлована, были перезахоронены поблизости.
Захоронение останков, найденных во время строительства храма
Зимой 1994 — 95 гг. работал молельный дом, собиравший 25-30 сельчан и гостей на воскресные и праздничные службы.
Средств у прихода для строительства не хватало, нужна была спонсорская поддержка.
Архитектор Голубинов подарил отцу Евгению эскиз с проектом Спасо-Преображенского храма.
В это же время в селе разворачивалось строительство моста через Волгу. Руководство Мостотряда приняло решение вместо возведения в селе Дворца культуры, разделить средства на его строительство пополам между Домом культуры и новым храмом. За 7 млн рублей был заказан, исполнен и выкуплен проект. Генеральным подрядчиком стала компания Югтрансгаз. Директор предприятия Владимир Яковлевич Чумаков согласился помогать стройматериалами и рабочей силой. Субподрядчиком стал Лев Соломонович Гафанович.
В 1995 году в Пристанное прибыла профессиональная бригада каменщиков с Украины, имеющая лицензию на изготовление разных проектов, в том числе и религиозных зданий. В течение 3-х лет, продолжались строительные работы.
Чин основания храма (закладка капсулы) состоялся весной 1995 года, после Пасхи. От молельного дома к котловану прошёл крестный ход, в котором приняли участие жители села, воспитанники семинарии, руководство и рабочие Мостотряда, сотрудники компании-подрядчика Югтрансгаз. В фундамент алтаря была заложена капсула с датой основания церкви.
Нулевой цикл работ взял на себя Мостотряд. Фундамент был выполнен с огромным запасом прочности. Для армирования использовали арматуру, и диаметром и маркой превосходящую предусмотренную. Единовременно и целиком была залита подошва, толщиной 400 мм. Как в шутку заметил отец Евгений, «если храм и подвинется, то лишь целиком».
К Пасхе 
1997 года были завершены своды колокольни и самого храма. К празднику Троицы купола были облицованы жестью. Кресты заказали с зеркальными наконечниками. Зеркала двумя диаметрами нарезали на заводе «Техстекло». К ещё не завершённому храму прошёл крестный ход. Кругом стояли леса, на полу была грубая стяжка, не было ни иконостаса ни Царских Врат, а в храме уже прозвучала молитва. К престольному празднику ускоренно готовились, и внутренние отделочные работы в целом были завершены.
На Преображение 1997 отец Евгений совершил первую Божественную Литургию в новом храме. Торжественное освящение храма в праздник Воздвижения Господня совершил Владыка Александр. Рядом с храмом был возведён небольшой причтовый дом.
Уже на следующий год крышу выкрасили в зелёный цвет. Паперть была пристроена в 2000 году. Несколько раньше была построена трапезная.
В 2002 — 2003 годах велись работы по росписи храма.
В 2004
году, после кончины отца Евгения Зубовича († 1.06.2004), настоятелем храма был назначен протоиерей Владимир Пархоменко. В храме был расширен притвор, что позволило подготовить место для установки художественного иконостаса, выполненного мастерами Кудринской резьбы и Воронежской школы иконописи. Иконостас был установлен в 2006году.
В 2007 году храм получил в дар от спонсоров колокол в 700 кг (фа-первое) подзвонный.
С 2007 года храм принял свой окончательный вид.